清華大學臺灣研究所于2000年10月25日正式成立。該研究所是為適應海峽兩岸經濟關系迅速發展的新形勢而設立的,將以臺灣經濟、兩岸經濟關系和兩岸產業交流與合作為研究重點。
研究所下設臺灣經濟和兩岸經濟關系研究室、兩岸產業合作發展研究中心、綜合研究室3個部門,并在2001年4月29日與中盈國際網絡公司共同建設了“海峽兩岸經濟網”(www.hellotaiwan.org.cn/index.asp),為兩岸企業和研究部門提供信息服務。研究所憑借清華大學理、工、文、法多學科的綜合優勢,以及聘請兼職教授、顧問教授、特邀研究員等方式,開展教學、科研及交流活動。
研究所所長由現任海協會副會長劉震濤擔任,清大教授寇廷耀任常務副所長。
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